《指南》明确农村黑臭水体识别包括：
1.明确水体面积。原则上将水体面积200平方米及以上纳入农村黑臭水体排查范围，但群众反映强烈的黑臭水体，可不限于上述要求。
2.明确识别步骤。进一步明确，按照感官判断、公众评议、水质监测三个步骤，判断是否为黑臭水体。前一步骤可判定为黑臭水体的，则不进行下一步骤。
3.规定了不判定为黑臭水体的特殊情形。包括无污染源、仅透明度单项指标超标的水体；以及农村污水治理中作为污水收集、输运和处理系统的水体，如收集农村生活污水并输运至污水处理设施的加盖的村庄边沟等非管道收集系统形成的水体；本身作为污水处理系统一部分且运行正常的水体，如人工湿地、氧化塘等。
针对农村黑臭水体开展清单管理，《指南》明确，原则上将水域面积为2000平方米及以上的黑臭水体(较大面积黑臭水体)纳入国家监管清单管理，水域面积不足2000平方米的黑臭水体纳入省监管清单管理。省监管清单中水体面积较大、治理难度复杂的黑臭水体，视情调整进入国家监管清单。
《指南》还提出农村黑臭水体治理的总体要求。一是整县系统治理黑臭水体。坚持以污染源头管控为根本，按照“控源截污、内源治理、水系连通、生态修复”的基本技术路线，以县级行政区为单位整县开展农村黑臭水体治理。二是优先选择资源化利用措施。根据水体用途或其用地分类和污染成因，结合村庄发展规划、区域经济水平和村民需求等确定治理思路，优先采用资源化、生态化治理措施。三是严控将水体“一填了之”。实施并完成控源截污措施后，确因无水源而导致水体消亡的，在水利、自然资源等相关部门依法依规同意变更土地利用类型的情况下，征得农村集体经济组织同意的，方可采取覆土填埋等措施。
对此，《指南》明确了水体不黑不臭、完成水体治理措施、建有长效管护机制、群众满意、公示无异议等5条验收标准。其中，对销号后出现返黑返臭、难以立行立改，特别是控源截污措施不到位的水体，生态环境部将取消销号。
